A Unipampa oferece cursos de pós-graduação nos níveis lato sensu (especializações e residências na área da saúde) e stricto sensu (mestrados e doutorados) distribuídos entre os dez campi da Universidade. 

A oferta dos diferentes cursos de especialização possui variação de um ano para outro, enquanto as residências e os cursos de mestrado e doutorado apresentam ofertas periódicas. Atualmente, a Unipampa conta com 20 cursos de mestrado, cinco cursos de doutorado e quatro de residência em funcionamento na Instituição. A lista completa de cursos pode ser conferida no link, conforme a Modalidade.

A Pró-reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (PROPPI) é o setor responsável pela organização e orientação das atividades, incluindo o lançamento de editais de seleção de alunos e as normas para proposição de novos cursos lato sensu e Programas de Pós-Graduação (PPGs), além da qualificação dos já existentes. Mais detalhes no site da PROPPI.