A Pró-Reitoria Adjunta de Pesquisa (PROPESQ) da Universidade Federal do Pampa (UNIPAMPA) tem como objetivos incentivar, assessorar e organizar as atividades de pesquisa Científica e tecnológica, buscando a inserção da UNIPAMPA no cenário nacional e internacional. Ações como a organização da participação da Instituição em Editais de fomento à pesquisa, incentivo à publicação em periódicos recomendados pela CAPES e aquisição de equipamentos para formação de laboratórios Institucionais tem caracterizado as principais ações da PROPESQ.

Devido ao caráter multicampi e a filosofia da atual gestão de ser democrática e participativa foi instituído, através da Portaria N° 219, o Comitê de Pesquisa da UNIPAMPA estando constituído por um representante de cada Campus, eleitos por seus pares, e o Pró-Reitor Adjunto de Pesquisa. O comitê tem caráter deliberativo às questões pertinentes às atividades de pesquisa reunindo-se periodicamente de forma itinerante nos Campi da UNIPAMPA.